انتقدت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان في تقريرها السنوي تدهورا خطيرا في حقوق الإنسان في مصر وقالت إن هناك عدة قضايا سياسية وتشريعية بالغة السوء وتمثل معيقا للديمقراطية وحقوق الإنسان مثل استمرار العمل بقانون الطوارئ منذ عام 1981 وحتى الآن والذي يمنح السلطة التنفيذية صلاحيات استثنائية واسعة في اعتقال الأشخاص ووضع القيود على حرية التنقل ومصادرة المطبوعات والتدخل في أعمال السلطة القضائية واصفه قانون الطوارئ بأنه أداة للسلطة التنفيذية للعصف بالحقوق والحريات الأساسية.
ورصدت المنظمة في تقريرها السنوي لعام 2004 جملة من الانتهاكات في مقدمتها استمرار جرائم التعذيب في أقسام ومراكز الشرطة وتزايد حالات الاحتجاز التعسفي وما يرتبط بذلك من ممارسات مهينة، وانتهاك الحق في المحاكمة العادلة والمنصفة عبر استمرار العمل بمحاكم أمن الدولة العليا طوارئ، ومحاكم المدنيين أمام المحاكم العسكرية والاستثنائية، وكذلك استمرار صدور أحكام بحبس الصحافيين برغم الوعد الرئاسي بإلغاء عقوبة الحبس في جرائم النشر فضلا عن وقائع الاعتداء عليهم.
وأضاف التقرير أن العام الماضي شهد أيضا منح الضبطية القضائية لمفتشي الأزهر مما يمثل انتهاكا لحريات الفكر والاعتقاد والتعبير المكفولة في الدستور المصري.